植物保護(hù)學(xué)院前身包括山東大學(xué)農(nóng)學(xué)院植物病蟲害學(xué)系、山東省立農(nóng)學(xué)院植物病理學(xué)和昆蟲學(xué)教研室以及齊魯大學(xué)農(nóng)業(yè)專科學(xué)校的一部分。1952年全國院系調(diào)整時(shí)，將其合并為山東農(nóng)學(xué)院植物病蟲害學(xué)系，1954年更名為植物保護(hù)系，2000年12月撤系建院，成立植物保護(hù)學(xué)院。在幾代教職工的共同努力下，學(xué)科建設(shè)迅速發(fā)展，在科教興魯、科教興國、脫貧攻堅(jiān)、鄉(xiāng)村振興事業(yè)中取得了豐碩成果，形成“思源、樸愛、求索、精誠”的植保精神。

學(xué)院設(shè)有植物病理學(xué)系、昆蟲學(xué)系、農(nóng)藥學(xué)系、煙草學(xué)系、森林保護(hù)學(xué)系和菌物學(xué)系等6個(gè)系；現(xiàn)有植物保護(hù)、制藥工程、煙草、森林保護(hù)、應(yīng)用生物科學(xué)等5個(gè)本科專業(yè)，在校本科生1399人。設(shè)有植物保護(hù)學(xué)博士后科研流動(dòng)站，擁有植物保護(hù)學(xué)一級(jí)學(xué)科博士授權(quán)點(diǎn)（含植物病理學(xué)、昆蟲學(xué)、農(nóng)藥學(xué)等3個(gè)研究方向）、農(nóng)業(yè)專業(yè)博士授權(quán)點(diǎn)、植物保護(hù)一級(jí)學(xué)科碩士授權(quán)點(diǎn)（含植物病理學(xué)、昆蟲學(xué)、農(nóng)藥學(xué)、林草有害生物防控、煙草學(xué)等5個(gè)研究方向）、資源利用與植物保護(hù)專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，在校研究生469人。植物保護(hù)專業(yè)為國家品牌專業(yè)、國家一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)、山東省特色專業(yè)、卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)試點(diǎn)高校拔尖型人才培養(yǎng)專業(yè)。制藥工程（農(nóng)藥方向）、煙草學(xué)為山東省一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。獲得山東省高水平應(yīng)用型專業(yè)建設(shè)項(xiàng)目、教育服務(wù)新舊動(dòng)能轉(zhuǎn)換專業(yè)對(duì)接產(chǎn)業(yè)項(xiàng)目等立項(xiàng)，建設(shè)經(jīng)費(fèi)達(dá)5000萬元。植物保護(hù)學(xué)科為山東省一流學(xué)科、山東省高水平學(xué)科（優(yōu)勢(shì)特色型），建設(shè)經(jīng)費(fèi)超1億元。學(xué)院教師以第一完成人獲山東省第九屆教學(xué)成果特等獎(jiǎng)1項(xiàng)。

學(xué)院現(xiàn)有教工116人，中國工程院院士李玉教授任名譽(yù)院長，專任教師87人（98.8%擁有博士學(xué)位，30%有國外留學(xué)經(jīng)歷），其中教授26人，副教授44人。中國科學(xué)院院士1人，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者1人，國家百千萬人才工程1人，國家大宗蔬菜產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位科學(xué)家1人，教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才2人，神農(nóng)青年英才1人、中國科協(xié)青年人才托舉工程1人，泰山學(xué)者特聘教授3人，泰山學(xué)者青年專家3人，泰山產(chǎn)業(yè)領(lǐng)軍人才2人，省級(jí)教學(xué)名師1人，山東省專業(yè)技術(shù)拔尖人才3人，山東省有突出貢獻(xiàn)中青年專家2人，山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)首席專家2人、副首席專家3人、崗位專家10人、試驗(yàn)站站長1人。學(xué)院現(xiàn)有農(nóng)業(yè)農(nóng)村部黃河下游作物有害生物綜合治理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（部省共建）、國家植保微生物種質(zhì)資源庫（山東）、農(nóng)藥環(huán)境毒理研究中心（農(nóng)業(yè)農(nóng)村部認(rèn)證單位）、山東省農(nóng)業(yè)微生物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、山東省蔬菜病蟲生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、山東省高等學(xué)校植物有害生物綜合治理實(shí)驗(yàn)室、山東省高校農(nóng)藥毒理與應(yīng)用技術(shù)省級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、山東省高等學(xué)校黃河流域農(nóng)林作物病蟲害綜合治理協(xié)同創(chuàng)新中心、山東省煙草病蟲害研究中心、山東省林業(yè)有害生物防控工程技術(shù)研究中心等省部級(jí)科研平臺(tái)10個(gè)。本科實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心擁有實(shí)驗(yàn)室15個(gè)，有昆蟲、植病、雜草等標(biāo)本室、農(nóng)藥加工實(shí)驗(yàn)室、植保站園、昆蟲繁育試驗(yàn)場(chǎng)、菌物實(shí)訓(xùn)基地各1個(gè)。實(shí)驗(yàn)中心總面積1766平方米，儀器設(shè)備2500余臺(tái)套，總值2550多萬元。

科研工作取得了長足發(fā)展，主持國家自然科學(xué)基金、國家科技支撐計(jì)劃、國家糧豐工程、國家“雙減”項(xiàng)目、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部行業(yè)公益項(xiàng)目、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等國家和省部級(jí)科研項(xiàng)目100余項(xiàng)，年均科研經(jīng)費(fèi)3000萬元，年均發(fā)表論文約150篇（SCI收錄近80篇）、授權(quán)專利30余項(xiàng)。近年來學(xué)院教師以第一完成人獲國家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、山東省科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、山東省科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)3項(xiàng)，參與獲得國家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、國家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、省部級(jí)科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)7項(xiàng)。學(xué)院不斷加強(qiáng)同國內(nèi)外院校的合作與交流，同瑞典、法國、美國、以色列、英國、日本等國家知名高校和院所建立了長期互訪和合作關(guān)系。承辦中國植物病理學(xué)會(huì)年會(huì)、中國菌物學(xué)會(huì)年會(huì)、中國森林保護(hù)學(xué)術(shù)大會(huì)等大型學(xué)術(shù)會(huì)議十余次。

學(xué)院始終將教學(xué)工作擺在突出位置，秉承“學(xué)生中心、產(chǎn)出導(dǎo)向、耕讀合一”的教育教學(xué)理念，全面落實(shí)立德樹人根本任務(wù)，堅(jiān)持以學(xué)生發(fā)展為中心，強(qiáng)化理論和實(shí)踐教學(xué)兩翼同頻共振育人，突出學(xué)生創(chuàng)新能力的培養(yǎng)，促進(jìn)學(xué)生綜合素質(zhì)的不斷提高，近年來獲得以2項(xiàng)“互聯(lián)網(wǎng)+”國賽金獎(jiǎng)在內(nèi)的幾十項(xiàng)雙創(chuàng)賽事獎(jiǎng)項(xiàng)。加強(qiáng)師資隊(duì)伍建設(shè)和課程體系改革，加強(qiáng)教材和教學(xué)條件的配套建設(shè)，提高教學(xué)質(zhì)量, 在全校教學(xué)工作評(píng)估中多次獲得優(yōu)秀，辦學(xué)水平和人才培養(yǎng)質(zhì)量不斷提高，形成了良好的院風(fēng)學(xué)風(fēng)。加強(qiáng)校地聯(lián)系，多家企業(yè)在學(xué)院設(shè)立了企業(yè)獎(jiǎng)學(xué)金和助學(xué)金。學(xué)生就業(yè)率一直名列學(xué)校前茅，連續(xù)多年獲學(xué)校招生就業(yè)先進(jìn)集體；本科生深造率連續(xù)23年超過50%，最高年份超過70%。迄今已有8500余名畢業(yè)生分別工作在教學(xué)、科研、技術(shù)推廣、企業(yè)經(jīng)營和黨政管理崗位上，有的已成為中國科學(xué)院、中國工程院院士、優(yōu)秀企業(yè)家或擔(dān)任省、廳級(jí)領(lǐng)導(dǎo)職務(wù)。四位畢業(yè)生被評(píng)為山東農(nóng)業(yè)大學(xué)杰出校友、一位畢業(yè)生被評(píng)為山東農(nóng)業(yè)大學(xué)青年杰出校友。